Bilgisayar Müh. Bölüm Binası, 1. kat, oda 107 Tel.:+90 (224) 294 2792 email: gozcan at uludag.edu.tr
18
Dersin Web Adresi:
19
Dersin Amacı
Bu ders temel biyoinformatik ve programla bilgisine sahip öğrencilerin uygulama konusundaki becerilerini artırmayı hedeflemektedir. Genom dizileme, mikroarray teknolojisi gibi büyük-ölçekli deneysel yöntemlerden bilgi çıkarabilmek için kullanılan hesaplamalı yöntemler tanıtılacaktır. Dersin temel vurgusu, alana genel bir bakış sunabilmek ve biyoinformatiğin DNA ve protein dizi hizalama, yapısal protein hizalama, protein/RNA yapısı tahmini, filogenetik ağaç oluşturma, mikroarray veri analizi ve gen/protein ağlarının analizi gibi temel sorunlarına getirilebilecek çözümleri tanımlamak üzerinedir.
20
Dersin Mesleki Gelişime Katkısı:
Biyolojik veri tabanlarının anlaşılması, bu veritabanlarını işlemek için gerekli algoritma tasarımları yapabilmesi
21
Ders Öğrenme Kazanımları
1
Biyoinformatik terminolojisi ve uygulamaları hakkında bilgi sahibi olmak;
2
Biyolojik veri bankalarını kullanabilme;
3
Temel Biyoinformatik problemleri ve çözümü için kullanılabilecek yöntemleri öğrenmek.;
22
Dersin İçeriği
Hafta
Teori
Uygulama
1
Biyoinformatiğe Giriş
2
Dizi Analizi ve Dinamik Programlama
3
Dizi Hizalamanın İstatiksel Analizi
4
Yeni Nesil DNA Dizileme
5
Markov Modelleri ve Çoklu DNA Hizalama
6
Filogenetik Ağaçlar ve Kümeleme Modelleri
7
Protein Yapısı
8
Protein Yapı Tahmini (Sekonder, Tersiyer)
9
Protein Yapısı – Yapısal Eşleşme
10
Mikroarray Veri Analizi
11
Gene-Protein Networks and Pathways
12
Protein-Protein ve Protein DNA İlişkileri
13
Büyük Ölçülü Ağ Yapıları Oluşturma ve Analizi
14
Ağlarda Motif Bulma
23
Ders Kitabı, Referanslar ve/veya Diğer Kaynaklar:
M. Zvelebil and J. O. Baum, Understanding Bioinformatics, Garland Science, 2008.
24
Değerlendirme
YARIYIL İÇİ ÇALIŞMALARI
SAYISI
KATKI YÜZDESİ
Ara Sınav
0
0
Kısa Sınav
0
0
Ödev
2
40
Yıl sonu Sınavı
1
60
Toplam
3
100
Yıl içi çalışmalarının Başarıya Oranı
40
Finalin BAşarıya Oranı
60
Toplam
100
Derste Kullanılan Ölçme ve Değerlendirme Yaklaşımları
Ölçme ve değerlendirme, Bursa Uludağ Üniversitesi Önlisans ve Lisans Eğitim Öğretim Yönetmeliği ilkelerine göre yapılmaktadır.
Açıklama
Bağıl değerlendirme sistemi uygulanmaktadır. 1 Ara Sınav ve 1 Final sınavı yapılmaktadır.
25
AKTS / İŞ YÜKÜ TABLOSU
Etkinlik
SAYISI
Süresi [Saat]
Toplam İş Yükü [Saat]
Teorik Dersler
14
2
28
Uygulamalı Dersler
0
0
0
Sınıf Dışı Ders Çalışma Süresi (Ön çalışma, pekiştirme)
0
0
0
Ödevler
2
34
68
Projeler
0
0
0
Arazi Çalışmaları
0
0
0
Arasınavlar
0
0
0
Diğer
0
0
0
Yarıyıl Sonu Sınavları
1
54
54
Toplam İş Yükü
150
Toplam İş Yükü / 30 saat
5
Dersin AKTS Kredisi
5
26
PROGRAM YETERLİLİKLERİ İLE DERS ÖĞRENİN KAZANIMLARI İLİŞKİSİ TABLOSU
